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加州大学开发基于临床版“ChatGPT”的液体活检!肺癌早期检测性能超高!

早筛网 • 1 年前 • 438 次点击  


早筛网讯:近日,加利福尼亚大学开发一种基于深度生成式AI模型Orion的液体活检测试,通过分析血清样本中的孤儿非编码RNA(oncRNAs)来检测早期非小细胞肺癌,总体灵敏度94%,对于I期肺癌灵敏度也达到90%研究发表在《Nature communication》上。


oncRNAs是一类在癌症特异性基因组重编程过程中产生的小RNA,它们在癌症细胞中丰富、稳定,并且能够从活体癌细胞中积极分泌到血液中。这些特性使得oncRNAs成为液体活检中理想的生物标志物。然而,由于血液中oncRNAs的量可能非常少,因此需要一种强大的AI分析工具来检测和解释这些生物标志物。对于生成式AI,与传统的AI技术相比,生成式AI不仅处理输入的数据,更能深入学习和模拟事物的内在规律,自主创造出全新的内容。其核心机制在于,通过大量的数据学习,识别并掌握数据的内在模式和规律,目前的模型代表有ChatGPT、Claude等,国内的有文心一言、Kimi等。


研究团队提出了一种基于深度生成式AI模型的方法,特别是变分自编码器(VAE),来分析血液中的oncRNAs。该模型被命名为Orion,它是一个多任务生成式AI模型,旨在通过学习血液样本中的oncRNAs模式来检测早期非小细胞肺癌。


基于 oncRNA 的液体活检平台和 Orion 结构


研究团队从1050名个体的血清样本中分析oncRNAs,这些个体包括被诊断为非小细胞肺癌的患者以及性别、年龄和BMI匹配的对照组。


研究结果显示,Orion模型在检测早期非小细胞肺癌方面表现出色。在所有阶段的癌症检测中,Orion实现了94%的总体灵敏度,相较于支持向量机(SVM)分类器(灵敏度为61%)在独立验证数据集上灵敏度提高了约30%,表明Orion模型能够有效地从血液中的oncRNAs模式中识别出肺癌信号。


模型性能


进一步分析表明,Orion模型在早期阶段(I期)的肺癌检测中尤为有效,其灵敏度达到了90%,远高于SVM分类器的56%。对于更晚期的肿瘤(II、III和IV期),Orion的灵敏度进一步提升至97%,而SVM分类器的灵敏度为63%。此外,Orion在检测小于2厘米的肿瘤(T1a-b期)方面也展现了87%的灵敏度,而SVM分类器的灵敏度仅为44%。在对模型的泛化能力进行评估时,Orion在留出验证数据集上的表现与其在训练数据集上的表现一致,展现了强大的泛化能力。


Orion模型不仅在早期肺癌的检测中表现出高灵敏度和特异性,而且在不同阶段和肿瘤大小的肺癌检测中均显示出优越的性能,证明了其作为一种潜在的液体活检测试在临床上的应用前景。


Nature丨哈佛大学开发“临床版ChatGPT”,性能爆表!多癌检测准确率高达96%!


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